Каждый новый пользователь Linux после установки сталкивается с подобными вопросами: «А что это за папки со странными названиями вроде dev, etc, sys, mnt, opt, bin, var и т.д.? Зачем они мне? Может, их удалить?», «Где тут Мой Компьютер?», «А Мои Документы куда делись?», «Куда установилась моя программа?». Итак, давайте разберемся в каждом вопросе по-порядку. Для начала нужно уяснить, что Linux имеет четкую структуру расположения директорий и файлов, и удалять их, даже если они пустые, совешенно не стоит. Рассмотрим значение каждой из директорий.

/ - корневой раздел.
/bin - директория для хранения основного набора команд ОС (Операционной Системы).
/boot - директория для хранения данных, необходимых для загрузки ОС, здесь располагаются, например, файлы ядра, загрузчик GRUB или Lilo.
/dev - директория содержит файлы устройств, подключенных к ОС.
/etc - в этой директории располагается основная часть конфигурационных файлов ОС и программ.
/home - директория для хранения личной информации пользователей.
/home/user - домашняя папка пользователя user.
/lost+found - сюда сбрасываются файлы, на которых не было ссылок ни в одной директории, хотя их inod не были помечены как свободные. Например, при удалении файла из директории произошел сбой (аварийное отключение питания), тогда в системе останется потерянный inod, который хоть и указывает на корректный файл, но этот файл не содержится ни в одной из директорий. В ext2 и других нежурналируемых файловых системах задача восстановления таких файлов приходится на fsck. Он находит inod, на которые нет ссылок, и создает на них ссылки в lost+found. После этого пользователь сможет просмотреть файлы и при необходимости переместить их куда ему надо, вернув нужные имена.
/lib - директория для хранения системных библиотек, необходимых для работы программ из директорий /bin и /sbin, а также самой ОС вцелом.
/media - директория, используемая для автоматического или ручного монтирования различных устройств: USB-накопителей, CD-ROM, разделов HDD и т.д. При этом на рабочем столе появляются соответствующие иконки данных устройств.
/mnt - обычно эта директория используется для ручного подключения устройств. В эту директориюкомандой mount монтируются различные устройства: USB-накопители, CD-ROM и т.д. Но в этом случае на рабочий стол соответствующих автоматически иконок не выводится.
/opt - директория для размещения программ, имеющих большой размер или использующих вспомогательные пакеты.
/proc - директория, к которой примонтирована виртуальная файловая система procfs, позволяющая получить доступ к информации о системных процессах из ядра, она необходима для выполнения таких команд как ps, w, top.
/root - домашняя папка Суперпользователя.
/sbin - директория, включающая в себя основные системные программы для администрирования и настройки системы (например, ifconfig).
/srv - директория для хранения специфичных параметров окружения системы. Обычно данная директория пуста.
/sys - директория, к которой примонтирована виртуальная файловая система sysfs, добавляющая в пространство пользователя информацию о присутствующих в системе устройствах и драйверах. В версии ядра ниже 2.6 не использовалась.
/tmp - директория временного хранения файлов. Аналог C:/Windows/Temp в ОС Windows.
/usr - директория для хранения всех установленных пакетов программ, документации, исходного кода ядра и системы X Window. Все пользователи, кроме суперпользователя root, имеют доступ только для чтения. Может быть смонтирована по сети и быть общей для нескольких машин.
/usr/bin - директория расположения дополнительных программ для всех учетных записей.
/usr/include - здесь располагаются заголовочные файлы C++.
/usr/games - директория для размещения доступных игр в системе.
/usr/lib - здесь хранятся системные библиотеки для программ, расположенных в директории /usr.
/usr/local - по стандарту /usr должен быть общим для нескольких компьютеров и смонтирован по сети, а /usr/local должен содержать установленные пакеты программы только на локальной машине. Но чаще всего директория /usr/local используется для установки программ, которые не предназначены для конкретного дистрибутива (например, Ubuntu хранит в /usr «родные» установленные пакеты, а в /usr/local находятся пакеты, собранные из исходников).
/usr/sbin - содержит дополнительные системные программы.
/usr/share - содержит общие данные установленных программ.
/usr/share/icons - содержит все иконки системы.
/usr/share/docs - содержит файлы справки для программ.
/usr/src - расположение исходных кодов (например, ядра).
/var - хранение часто изменяющихся данных. Например, журналов ОС, системных log-файлов, cache-файлов и т. д.
/var/cache - директория для хранения кэшей различных программ.
/var/games - хранение файлов игровых достижений (рекордов).
/var/lib - хранение постоянных данных, изменяемых программами в процессе работы.
/var/lock - здесь располагаются lock-файлы, указывающие на занятость того или иного ресурса.
/var/log - хранение всех log-файлов.
/var/spool - расположение задач,  ожидающих обработки (например, очередь печати, непрочитанные письма, задачи cron и т. д.).
/var/www - размещение страниц для сервера Apache.

Здесь представлен не совсем полный список вложенных директорий, однако, более чем достаточный для знаний новичка.